Seiring dengan pembentukan Kotamadya Kupang, berdasarkan undang-undang Nomor 5 tahun 1996, serta diterbitkannya Surat Keputusan Gubernur KDH Tingkat I Nusa Tenggara Timur Nomor 34 Tahun 1996  yang merupakan awal kiprah Badan Perencanaan Pembangunan Daerah (BAPPEDA). Badan yang menangani masalah Perencanaan Kotamadya Kupang (status Kota waktu itu) di Ketuai oleh Ir. Benny R. Ndoenboey (dilantik oleh Gubernur). Ketua Bappeda secara resmi menjabat sejak 8 Mei 1996 s/d September 1998. Dengan berbagai keterbatasan sarana dan prasarana waktu itu BAPPEDA mampu hadir sebagai penggerak perencanaan di kota kupang. Pada Pertengahan tahun 1998 tepatnya bulan Mei BAPPEDA berpindah alamat, dengan gedung yang lebih baik. Gedung yang sampai saat ini ditempati.   

Pada tahun 1998-2000 merupakan periode baru dalam kepemimpinan Ketua BAPPEDA. Ketua  BAPPEDA dipegang oleh Drs. Umbu Tamu Kalaway, sebelum menjabat sebagai Ketua BAPPEDA beliau adalah pejabat yang bertugas di Kabupaten Ende. Sesuai yang diatur dalam Peraturan Daerah Nomor 16 Tahun 2000 tentang pembentukan Organisasi dan Tata Kerja Badan Perencanaan Pembangunan Daerah (BAPPEDA)Dokumen perencanaan yang dihasilkan waktu itu adalah Poldas (Pola Dasar Pembangunan Daerah), Propeda (Program Pembangunan Daerah), sedangkan Dokumen Tahunan adalah Repetada (Rencana Pembangunan Tahunan Daerah)

Periode 2001 s/d Juni 2005 jabatan kepala digantikan oleh Drs. L.S. Foenay, M.Si (Alm), beliau merupakan pejabat Bappeda Provinsi NTT, akhir masa jabatan pada Bappeda merupakan akhir karir beliau sebagai PNS (Pensiun). Sesuai yang diatur dalam Peraturan Daerah Nomor 42 Tahun 2002 yang merupakan pengganti Peraturan Daerah Nomor 16 Tahun 2000 tentang pembentukan Organisasi dan Tata Kerja Badan Perencanaan Pembangunan Daerah (BAPPEDA), salah satu fungsi Bappeda adalah perumusan kebijakan di bidang perencanaan pembangunan daerah.

Periode 2005 s/d Maret 2009 jabatan Kepala Bappeda di jabat oleh Ir. Nicky N. Ully, M.Si, pada masa kepemimpinan beliau sesuai perubahan regulasi yaitu dengan adanya Undang-undang Nomor 25 tentang sistem Perencanaan Pembangunan Nasional, Bappeda menyusun Dokumen Perencanaan 20 tahunan atau yang dikenal dengan RPJPD (Rencana Pembangunan Jangka Panjang Daerah Periode 2007-2025) yang merupakan acuan dalam penyusunan Rencana Pembangunan Jangka Menengah Daerah (RPJMD) untuk periode 5 (lima) tahunan. Pada tahun yang sama pula RPJMD Kota Kupang 2007-2012 disusun yang merupakan penjabaran visi, misi kepala daerah saat itu.

Periode April 2009 s/d Oktober 2010 Kepala Bappeda Kota Kupang dijabat oleh Victor Umbu Manna, SE. Beliau merupakan pejabat yang merintis karir di Bappeda. Sebelum menjabat menjadi Kepala Bappeda beliau mengisi salah satu posisi kabid.

Periode Nopember 2010 s/d saat ini Jabatan Kepala Bappeda dipegang oleh Ir. Elvianus Wairata, M.Si. sebelum menjabat menjadi kepala Bappeda beliau merupakan kepala Dinas Perikanan dan Kelautan Kota Kupang.


Catatan :
Tidak mengurangi rasa hormat kami, dimohon Bapak-bapak  sebagai mantan ketua/kepala BAPPEDA Kota Kupang agar mengirimkan pas photo ukuran 4x6cm ke e-mail admin This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it. agar kami sertakan dalam sejarah bappeda.